信息工程系自动化专业在原内蒙古大学鄂尔多斯学院自动化专业基础上设立，于2016年被列为市级重点建设专业,2020年获批自治区一流本科建设专业。本专业代码为080801，学制为4年。
本专业培养德智体美劳全面发展，掌握自动化专业领域理论和专业知识；具有自动化系统运行维护、自动化系统设计开发能力，具有创新创业意识，具备人文和自然科学素质、职业道德，能够在自动控制领域从事自动化相关的系统设计、技术开发、运行维护、技术管理等工作的高素质应用型人才。专业核心课程包括电路原理、自动控制原理、现代控制理论基础、过程控制与仪表检测技术、计算机控制技术、程序设计基础、微机原理与单片机技术及应用、控制系统优化设计与仿真、人工智能基础、电机电力拖动及运动控制等，学生毕业后被授予工学学士学位。
实验实训条件方面：自动化专业秉持“知行合一，笃学致用”的校训，经过十多年的发展，现已建成了一批设备先进、配套齐全、功能完善的教学平台，各项事业取得显著成绩，整体开办实力和水平迈上新台阶。
师资队伍建设方面：自动化专业一直按照“服务区域经济社会发展，依托相关行业，努力培养理论基础扎实，实践能力显著的应用型人才”的办学思路，深化教学改革，实施质量工程，凝练办学特色，提高教育质量。以创新应用型人才培养模式为核心，构建以能力为本位的课程体系，开发工学结合的优质核心课程，打造出了一支具有现代教育理念的教师队伍。现有教职员工17人，其中专任教师16人，实验教师1人；博士3人，硕士14人，专任教师研究生率100%，中高级职称9人。
利用自动化专业的优势，近几年为社会和地方经济发展培养出了一批能够从事自动化相关专业应用的人才。2021-2023两年间培养了100余人次大学生各级各类省级以上学科竞赛奖获得者，90人次参与老师的科研教研项目,同时平均就业率高达92%以上。
